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中药基因组实验室拥有中药筛选和研究中医药功能基因组技术平台，并在此基础上进一步建立起中医药系统生物学的技术平台。该平台将普通中药药效筛选与基因转录组学、蛋白组学和代谢组学的研究方法结合起来，是一个可用于药物筛选、药物作用机制研究和药物作用靶点探测的现代化中药研发平台。其实验结果和所获得的数据可为中药信息库提供丰富的信息资源，并可为临床上的常用中药进行机理研究。中药基因组实验室拥有先进的分子生物学实验仪器和设备，如红外成像系统、凝胶成像系统、杂交箱、PCR及Real-Time-PCR仪以及各种电泳设备等，与国内外高水平研究机构建立了密切的合作关系，可进行cDNA
microarray、蛋白组学、代谢组学以及RT-PCR、Real-Time-PCR、 Southern、 Northern、Western等分子生物学实验，也可进行核酸原位杂交和免疫组化等组织学实验。中药基因组实验室拥有一支经验丰富的科研队伍，并长期聘请肿瘤研究所顾建人院士为我们的科学顾问。
中药基因组室目前承担系统生物学重点学科，开展了一些原创性研究工作，取得振奋人心的结果，并作为牵头单位承担国家科技支撑计划中医药与代谢组学专项研究；另外还承担一项国家科技部支持的项目和两项上海市科委资助的项目，采用转录组学和代谢组学的研究方法，在进行中药药效筛选的同时，建立起研究中药的系统生物学的方法和平台。
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