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上海中药创新研究中心创建的中医药信息数据库是在十五“国家攻关计划”重大专项基础上发展起来的、融中医药、生物医学、信息科学和化学等多学科于一体的大型综合信息平台。它从“疾病、方剂、中药、中药化合物和化合物活性”五因素间相互作用出发构建了五个完全独立而又相互交联的中医药信息数据库系统；因其设计新颖、数据强大、性能独特而享誉海内外。
该数据库收集了中西医描述的主要疾病数据、大量散见于文献中的处方数据、中药数据、中药中包含的化合物数据以及化合物活性数据， 即包含了1400余种疾病、17万多个方剂、约9000种中药、25000余种含有二维三维结构的中药化合物和80000多种化合物活性数据，涵盖了文本、图形、图像和化学结构拓扑图等各种形式的重要信息。数据方面有两大特点：一是系统收集了建国以来各大中医杂志上发表的临床方剂应用数据；二是最为系统的收集了中药化合物以及化合物活性数据。五大数据库的联动和相互渗透已为该中心建立“知物（什么在起作用）、知因（为什么起作用）、知理（如何起作用）”的新药创新研究体系提供强有力的知识基础和进一步开展新药研究的预选工具。基于数据挖掘而衍生出的方剂、中药功效与中药化合物生物活性等之间的关系分析就可以作为药物研究的启示性基础数据，使新药的成功研制率有了质的飞跃。结构化的数据分析、网状的数据库结构、多学科的覆盖面、面对特定需求进行自由设计使得该数据库弥足珍贵。
上海中药创新研究中心在科技部国际合作司的大力支持下，在该中心中医药数据库原有结构、数据基础上，通过开创性的工作，在短短的两年时间内完成了拥有上述海量数据的中医药数据库英文检索平台的创建工作，得到业内专家的高度评价和认可。
作为上海市政府研发公共服务平台的中医药主体数据库和浦东新区生物医药信息服务公共平台，该数据库已为国内外众多企事业单位提供了大量独特优质高效的服务；海外制药、保健品、美容护肤领域的大型跨国公司更是因其提供的各种疾病、方剂、中药、中药化合物药理活性等综合数据分析服务及配方设计服务而感到非常满意并完全认可，已为外国企业完成数据库专项咨询服务课题多个，并取得可观的服务收入；此外，基于该数据库的数据挖掘和配方设计，用于治疗妇女更年期综合征以替代“雌激素替代疗法”的中药新药－－“更舒安颗粒”已获得国家食品药品监督管理局药物临床试验批件。更舒安颗粒是一个安全性好、疗效显著、机理明确、具有巨大市场容量的新型中药。
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